Hrvatska agencija za okoliš i prirodu, Ministarstvo zaštite okoliša i energetike, odnosno Inspekcija zaštite okoliša te Hrvatska akreditacijska agencija i Fond za zaštitu okoliša i energetsku učinkovitost surađuju i u okviru svojih nadležnosti provode koordinirane aktivnosti u cilju uspostave i funkcioniranja sustava EMAS u Republici Hrvatskoj.